با هدف شناخت تعداد محوطه های باستانی کشور، اولویت های اجرایی و پژوهشی، تهیه نقشه باستان شناسی و هماهنگی با طرح های عمرانی کشور، این موضوع از طرف پژوهشکده باستان شناسی به عنوان یکی از مأموریتهای اصلی این پژوهشکده با هماهنگی و برنامه ریزی در سطوح مختلف ملی و منطقه ای و همکاری با سازمان های استانی انجام میشود .

اهداف:

1. تدوین سند چشم انداز بلند مدت پژوهش های راهبردی. 
2. تدوین سند راهبردی مدیریتی و نظارتی بر حوزه های تاریخی فرهنگی کشور. 
3. توسعه توان علمی و روز آمدن کردن روش ها و فنون.
4. تولید اطلاعات تخصصی باستان شناسی در سطوح بین المللی.
5. جذب و  توسعه نیروی انسانی، بکارگیری و کارآمد کردن توان علمی افراد در راستای پویایی و  توسعه بنیادی و پایدار پژوهش ها و امور اجرایی – اداری باستان شناسی.
6. شناخت و  پوشش خلاء های مطالعاتی باستان شناسی در حوزه های جغرافیایی مختلف کشور به ویژه مناطق کمتر شناخته شده. 
7. شناخت سیر زمانی نخستین جوامع انسانی در فرایند استقرار و سکونت در حوزه بومی سرزمین ایران و چگونگی شکل گیری، تکامل و پویایی فرهنگ و تمدن ایرانی در بُعد تاریخی.

ساختار: 
۱ :بررسی های و تهیه نقشه باستان شناسی کشور
با هدف شناخت تعداد محوطه های باستانی کشور، اولویت های اجرایی و پژوهشی، تهیه نقشه باستان شناسی و هماهنگی با طرح های عمرانی کشور، این موضوع از طرف پژوهشکده باستان شناسی به عنوان یکی از مأموریتهای اصلی این پژوهشکده با هماهنگی و برنامه ریزی در سطوح مختلف ملی و منطقه ای و همکاری با سازمان های استانی انجام میشود .

۲:ثبت محوطه های تاریخی 
پس از شناخت اولیه از آثار موجود در هر منطقه، در دومین مرحله فرایند آماده سازی پرونده های ثبتی آثار تاریخی انجام میشود. این موضوع با ارسال پرونده های تهیه شده حاصل از بررسی های باستان شناسی از طرف سازمانهای محترم استانی و پژوهشکده باستان شناسی به دفتر محترم ثبت آثار تاریخی کشور انجام میشود .

۳:تعیین عرصه و پیشنهاد حریم محوطه های تاریخی
پس از شناسایی و ثبت محوطه های تاریخی کشور در فهرست آثار ملّی کشور، در سومین گام محوطه هایی که نیاز به تعیین عرصه و حریم دارند اولویت بندی شده و با اهداف پژوهشی و شناخت منظر فرهنگی و احترام به حریم اثر، به دفتر تعیین حرایم و عرصه ها معرفی می شوند. با توجه به اهمیت شناخت دقیق عرصه محوطه های تاریخی و چشم اندازهای فرهنگی مجموعه، گمانه زنی های باستان شناسی با هماهنگی با پژوهشکده باستان شناسی در حریم تپه ها و محوطه ها انجام میشود و نیز نقشه برداری لازم صورت میگیرد . 
 
۴:گمانه زنی، لایه نگاری، کاوش
در راستای پر کردن خلاء های تاریخی کشور و شناخت دوره های تاریخی فرهنگ و تمدن سرزمین ایران، در حوزه پژوهش های بنیادی، این پژوهشکده قصد دارد با انجام کاوش های علمی تاریخ، سرزمین ایران را شناسایی و تدوین نماید .

۵:تبدیل محوطه تاریخی به سایت موزه
در صورت تشخیص قابلیت یک محوطه باستانی به سایت موزه، موضوع به صورت گزارش تحلیلی و جامع از سوی پژوهشکده باستان شناسی تدوین، برنامه ریزی و با هماهنگی سایر بخش ها اجراء می شود .

فعالیت های انجام شده در استان :

1. تعیین عرصه و پیشنهاد حریم تپه های ،گلستان ، احمد و محمود،زال تپه ،حسن آباد ،تپه های راشته
2. کاوش در محوطه ازبکی،تپه ینگی امام،تپه خوروین،تپه موشه لان تپه اسماعیل آباد،تینال تپه،گورستان رزکان نو
3. بررسی و شناسایی آثار تاریخی- فرهنگی- طبیعی